工商税的则例中将之前不合理的一些条款予以修改，这样的话，朝廷和商人之间就能够达成一种平衡了，但是他们显然不是这么想的，他们抱着所谓的关市不征不放手，想要逼迫朝廷让步。
申时行对此也是极为无奈的，朱载坖并非不可以谈的人，但是朱载坖对于官员之间的抱团结伙行为一向是非常之厌恶的，而且是抱团结伙想要逼迫朱载坖让步，申时行很清楚，这是绝不可能的，肯定会招来朱载坖的严厉打击，胡汝宁的下场就是例子，但是要是申时行现在就上疏明确自己的立场，他们肯定就会把矛头指向申时行，这不是申时行愿意的事情，所以申时行采取的办法是一言不发，不表明自己的态度。
但是对于朱载坖，申时行必须要说明自己的态度，并且提醒朱载坖，否则的话，日后清算起来，申时行就说不清楚了，所以申时行向朱载坖说明了此事，朱载坖对于他们私底下的活动也是很清楚的，朱载坖只说了一句：“且自由他！”
在申时行走后，朱载坖下达了一系列的诏命，对于人事进行了调整，朱载坖升原协理京营戎政兵部左侍郎赵锦户部尚书兼提督税务总署，起复原宣大总督陈其学为兵部尚书协理京营戎政，加中军都督府左都督、锦衣亲军都指挥使陆绎少保兼太子太保，赐忠诚伯，不予世券，忠诚伯也是当年嘉靖追赠陆炳的爵位，朱载坖变相实现了陆家的爵位世袭，虽然陆绎的忠诚伯也是流爵，并非世袭，但是厂卫以缉捕功劳封爵，已经是很不得了的事情了。
同时朱载坖特旨升前首辅张居正长子张敬修为顺天府少尹，升原首辅徐阶之孙徐元春为顺天府尹，原兵部左侍郎吴兑升兵部左侍郎兼户部左侍郎，提督海关总署，原大理寺卿吴时来升刑部左侍郎提督律例馆，原兵部右侍郎兼右佥都御史，巡抚贵州曾省吾调巡抚保定等处。
同时对于北直隶的行政关系再次予以调整，原本京师附近的兵防有蓟辽总督负责，但是现在蓟辽总督所管辖的面积实在是太大了，所以朱载坖在和内阁以及相关部院商量之后，撤销总督蓟辽、大宁、吉林等处军务事，改为两个独立的总督辖区，负责京师防御的直隶总督，和负责东北防御的辽宁总督。
原蓟辽总督凌云翼仍以兵部尚书衔总督辽东、大宁、吉林等处军务事，