对于张四维等人所提出了现在大明朝廷所征收商税的种种不合理之处，而且朝廷上下对于此事的讨论也非常之热烈，唯独次辅申时行一言不发，朱载坖于是将申时行召到西苑来，询问申时行为什么不发一言，其实朱载坖很清楚申时行为什么不发一言，在征收商税的这件事情上，申时行是很矛盾的，申时行自己就出身于商贾世家，而且又是大明商贸最繁盛的苏州府人，对于商贾之道，他的了解并不比张四维少。
但是申时行可能面对很多的说项，希望申时行能够发声，但是申时行一直保持了沉默，所以朱载坖将申时行召到了西苑，君臣两人单独奏对，朱载坖问道：“申学士对于工商之税怎么看啊？”
申时行说道：“此系朝廷大政也，上干百姓之生计，下连朝廷之国课，不可不重也。”
朱载坖问道：“满朝臣子，都在就此上疏，申学士为何不发一言啊？”
申时行只得苦笑着说道：“眼下关市不征之说，甚嚣尘上，臣以为不可，但是朝廷皆以伍袁萃等为臣之乡党，臣不便言也。”
朱载坖当然知道伍袁萃这些人说的什么，但是朱载坖并不在乎，朱载坖在乎的是申时行对于此事的看法，作为当朝次辅，他还是具有很大的能量的，而且很多苏松出身的官员团结在申时行的周围，所以朱载坖要知道申时行的态度，申时行说道：“陛下，臣以为工商之税必征，而商税之弊亦必去，否则朝廷徒征税，而商人不获利，非善法也！”
对于申时行的这个说法，朱载坖是同意的，同时申时行还向朱载坖举荐了一个官员，他也是苏州府吴江县人，名叫沈季文，隆庆二年进士，现任河南左布政使，申时行认为他精于理财，而且地方经验丰富，对于商税之道有独特的见解，能够帮助朱载坖推动工商赋税的改革。朱载坖御于是召沈季文到京师来。
同时申时行对于朝廷现在的所谓关市不征的风潮深感担忧，作为朱载坖的近臣，他很清楚朱载坖的心思，但是这帮人未必明白朱载坖的意图，而且他们即便是明白，也未必会同意朝廷的工商赋税制度，他们心中只有自己的利益，哪里管什么国家朝廷，申时行私下里已经劝说过他们的，申时行的看法也很简单，工商税是肯定要征收的，但是朝廷可以在这次修订