炼丹殿、炼器殿和炼阵殿从大秦彻底分离，与大秦之间的往来也将单独核算结算。紧接着是民生殿、天工殿、天资殿、天赐殿、律政殿、传承殿的裁撤，这些殿宇合并重组成大秦农林部、大秦水利部、大秦制造部、大秦天晶通讯部、大秦财政部、大秦交通运输部、大秦律政部、大秦公共安全部、 大秦商业部、大秦资源部、大秦建设部、大秦人资部、大秦监察部、大秦军部、大秦教育部等部门。每个部门设尚书一名、侍郎三名、执事若干。执事和办事人员直接分配开始理顺各部工作，但尚书和侍郎却并没有任命和提名，而是需要直接选举产生，这些巨大的变动并不是最引人注目的，反而是轰轰烈烈的代表选举牵动每一个大秦子民的心。大秦所有十岁以上人员具有自己一票投票权，在每一州将产生九十九名代表，九十九州共九千八百零一名代表将对各部侍郎尚书投票决定归属，并决定大秦帝国总理人选。