日本幕府并没有常备的水军，它用于偷袭珍珠港的几十艘大船征调自国内的各个地方势力，百余艘小船则来自不同的海盗集团，为了加以区分，不同的家族都将本家族的家纹画在白色船帆上。是以远远看去，这支船队五花八门，比如，印着“上”字家徽的是来自关门海峡的村上水军，印着“九”字家徽的则是来自濑户内海的九鬼水军，这些水军连队形也没有，只是以家族为中心或者三、五艘一队，或者七、八艘一队各自为战。这些海盗虽然彪悍，却没有什么纪律可言，都是被武田将军重金收买来的乌合之众。船队中部是以火山丸为中心的九艘幕府将军船队，八艘通体刷成黑色，在黑色船帆上画着幕府竹叶龙胆家纹的划桨风帆大安宅船，操纵者也都是幕府的精英武士。他们的船比海盗们的要大得多，军纪森严，船上悄无声息，划桨步骤分毫不差，远远看去像是黑色的山在移动。此时的蓬莱由于锅炉损坏，正停在距离珍珠港十里左右的海面，岛上的水军大都在珍珠港休假，船只也开进了珍珠港，只有少量工兵留在岛上负责维修工作。日本人早算定了受创的蓬莱会前往珍珠港维修，所以早早埋伏在附近，幕府将军这次纠集国内船只倾巢而出，是下定决心要彻底消灭破军。当珍珠港的水兵们发现敌袭时，已经有三艘摇摇晃晃的日本船进到港口里。几艘船都是由挑选出来的敢死队员驾驶，这些亡命之徒头上系着白布，嘴里念叨着八百万天津神的名号给自己壮胆，猛冲进珍珠港内最狭窄的水道。在港内警戒的蓬莱船赶紧上前堵截，不料三艘日本船上的人并不反击，警戒船上的人们闻到对面飘来的火药燃烧味，他们叫声“不好”却已经晚了，三艘日本船满载的火药同时发生爆炸，船上日本人魂归极乐，连同蓬莱警戒船一同沉在水道里，将蓬莱军的战船全部封死在了港口里。日本船队欢声雷动，没有人为死掉的战友惋惜，反正他们不过是些炮灰。站在火山丸船楼最高层的武田将军金色军扇一挥舞，数十艘船像蜂群一般，乘风破浪朝停泊在海面上的蓬莱乱哄哄地拥去。和大明水师不同，日本船只在船头设置大炮，主要依靠的火力是被他们称为“大铁炮”的大号火枪，是以他们的船要靠到蓬莱炮台近前才能发挥威力。若是在平时，蓬莱的四门巨炮还有大大小小上千门防御火炮在很远就能将他们全都消灭。